「船隊指揮術」是幫助遠征隊進行戰略運用的高級旗艦專用能力，

可在高級旗艦內的「船長室」中，從3種之中選擇並裝備1種來使用。

船隊指揮術可進行學習與強化，首次學習的船隊指揮術將自動裝備。

船隊指揮術僅會在遠征隊停泊時發動，航行中則不會發動。

此外，將以自身遠征隊為基準，也會適用至領域內聯盟成員的遠征隊。

選擇出航至海上的遠征隊時，將顯示船隊指揮術生效的區域，

並可確認自己及聯盟成員的遠征隊目前使用中或正在受到援助的船隊指揮術。

在高級旗艦「克拉肯之怒」的船長室中，可學習以下船隊指揮術。

- 增加領域內聯盟成員旗艦出航艦船的暴擊傷害

- 增加領域內聯盟成員旗艦出航艦船的裝甲

- 增加領域內聯盟成員的旗艦耐久度防禦力

※ 「船長室」於高級旗艦「克拉肯之怒」達到35級時，完成可進行的「學習船隊指揮術」任務後方可使用。（碉堡21級以上、編年史第75天後）

※ 更換已裝備的船隊指揮術時，將適用7天的更換冷卻時間。

※ 在適用更換冷卻時間期間使用寶石時，可立即更換已裝備的船隊指揮術並重置冷卻時間。